口腔出现透明小水疱可能是微生物感染、过敏性疾病、黏液囊肿、系统疾病等，建议应及时到医院检查以明确病因。
1.微生物感染包括细菌、真菌、病毒等，分别例如球菌性口炎、口腔念珠菌病、疱疹性口炎等，均可能出现口腔黏膜的小疱。治疗应根据微生物种类给予相应的抗微生物治疗，并结合局部护理及口腔卫生洁治。
2.由于患者接触某些致敏原如食物、药物、毛发等，可能引发接触性口炎，表现为口腔黏膜内外侧的水疱、糜烂等。此时应首先远离过敏原，并积极进行抗过敏治疗。
3.上下唇黏膜内侧存在数个小唾液腺，其遭受创伤后可能形成数个小疱，为唾液潴留造成，称黏液囊肿，常反复发作。最有效的治疗方法为手术去除小唾液腺。
4.其余全身性疾病导致的口腔表现，主要包括天疱疮与类天疱疮，较为少见。此类疾病常伴有关节等其它部位的症状，确诊需要到口腔内科进行检查，并接受必要的组织病理检查，以明确病因。
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